Omdat het virus zich vaak nestelt op verschillende plekken in de luchtwegen kan het op veel plekken ontstaan. Bij de meeste patiënten beperkt het zich tot enkele vaste plekken, vooral in het strottenhoofd. Het doel van de behandeling is het weghalen van de papillomen om stemproblemen en luchtwegproblemen op te lossen en te voorkomen. Papilloom komt vaak weer terug, omdat het virus nog steeds aanwezig is. Door het papilloom weg te halen hopen we meteen het meeste virusmateriaal weg te halen. Omdat we het virus zelf niet kunnen zien zitten zijn we nooit zeker of het virus helemaal weg is. Hierdoor kan het zijn dat het papilloom terug komt, soms eenmalig, soms nog vele keren. Vaak is dan bij klachten weer een operatie nodig.
Door onderzoek van de Groningen Papilloma Studies is nu bekend dat het aantal operaties dat nodig is in de toekomst vanzelf afneemt: het virus wordt minder actief. Daarnaast zien we dat hoe jonger de patiënt is als hij de ziekte krijgt, hoe langer hij nog operaties moet ondergaan. Soms kunnen er zelfs vele jaren tussen deze operaties zitten. Helaas is het beloop van de ziekte slecht voorspelbaar, maar door nieuwe onderzoekstechnieken zijn we steeds beter in staat het verwachte beloop in te schatten.
Soms blijft de ziekte op een gegeven moment vanzelf weg.